圖左邊為1909年將軍澳一帶，圖右邊為現代。
明代刊行的地方誌一《 粵大記》當中的廣東沿海圖已清楚標示「將軍澳」，故此，起碼在明代，將軍澳已經有居民定居。早於十三世紀，將軍澳便開始有人居住，但大量的人口聚居則在十六世紀後期，當多條細小漁村建成後才出現。坑口曾是整個清水灣半島人口最多及最繁榮的地方，並發展為一個墟鎮。在過去數個世紀，將軍澳一直以鄉郊用途為主。
到了六十年代，工業活動在將軍澳蓬勃發展。這些工業主要是造船、修船、拆船及軋鋼等工業，而其他的工業則包括鑄造非鐵金屬，以及生產工業氣體，其中有多種工業須依靠水路交通。不過，在一九八二年，當政府批准把將軍澳發展為新市鎮之後，這些工業便日漸式微或遷往其他地方。
直到1980年代中後期，香港政府在將軍澳移山填海，發展將軍澳新市鎮，成為香港第七個新市鎮，並於1987年9月興建將軍澳隧道連接東九龍及香港島，至今仍是新市鎮的主要對外交通幹道。
將軍澳分為三期發展：第一期發展的有寶林、翠林、康盛花園；第二期發展的為將軍澳市中心、坑口；第三期發展的為調景嶺。在計劃發展為市鎮同時，將軍澳亦成了垃圾的堆填重地，先後開闢將軍澳第一期堆填區和將軍澳第二期堆填區。雖然兩者已經先後關閉，但現時依然有運作中的新界東南堆填區。相比香港其他地區，將軍澳要處理的垃圾要多得多。近年將軍澳成為香港政府重點發展的地區，有多項設施落成，如香港單車館、將軍澳運動場等。現時正在興建的將軍澳－藍田隧道，預計2021年竣工後，屆時由將軍澳市中心前往東區海底隧道只需要5分鐘，比較現時節省10分鐘。
關於將軍澳的英文譯名有一段爭議，有些人主張使用Junk Bay，又有些人主張採用Tseung Kwan O。到了近年官方統一以Tseung Kwan O稱呼陸地部分，惟海灣仍然多以Junk Bay標示。